大洪山是我国佛教禅宗派的重点丛林。唐朝宝历二年(826年)秋，禅宗祖师慧能的第三代弟子善信和尚在山西五台山修行后，南行到达大洪山。他见这里大旱，山主张武陵带众乡人准备杀猪宰羊求雨。善信表示愿舍身代牲求雨，他登上主峰北崖祈雨，第三日果然雷雨大作，解除了数百里内旱灾。张武陵慨然捐出自己的山林，为善信修建庙宇。善信坐化之前，毅然割下自己的双足，供奉龙神。后人传为镇寺之宝——“佛足”。
　　这故事上奏皇帝，唐文宗赐善信“慈忍大师”法号，御书院额“幽济禅院”。后又加赐名“灵济禅院”，并将殿中12神像封为王、公、侯等职。从此，大洪山名扬四方，香火逐年旺盛。以后各朝皇帝赐额。五代后晋天福四年（939）年，高祖皇帝赐名“奇峰寺”。北宋元丰元年（1078年），神宗皇帝赐名“灵峰寺”。
　　北宋名僧善洪于真宗咸平五年春（1002年）往天竺（今印度）取佛经，于大中祥符八年（1015年）四月还京（开封）。真宗皇帝到偏殿亲迎，并赐紫衣银绢。善洪要求到大洪山传经被许，不久圆寂，合佛牙、舍利并葬于大洪山北塔。
　　绍圣元年（1094年），宋哲宗诏嵩山少林寺报恩禅师为大洪山十方崇宁保寿禅院住持。报恩将主峰（宝珠峰）山顶推平，将荒废的殿堂重新修缮、扩建，使“大洪山精舍壮观天下”。山下洪山寺（下院）也得到扩建，上下寺院僧人达千人。与此同时，他又在宝珠峰南的大湖边建起寺院，取名为“随州大洪山十方崇宁保寿禅院”，时上下两院住僧众千余人。
　　北宋中后期，是大洪山佛教又一鼎盛的时期，大洪山成为曹洞宗的中兴之地。涌现了大阳警玄、投子义青、芙蓉道楷等一批曹洞宗的优秀传人，成为曹洞宗走出困境、摆脱危机的关键人物。芙蓉道楷更是被后世尊为“曹洞宗中兴之父”。中国曹洞宗传于日本后，在日本今福田县建有永平寺，后又在今横滨市建总持寺。1984年以来，日本佛教学者多次到大洪山寻根觐祖。
　　南宋端平年间（1234—1236年），金兵南侵，随州成为战场。荆湖制置使孟珙和都统张顺将洪山寺部分僧人及“佛足”迁往武昌东山，改东山寺为洪山寺，易东山名为“小洪山”。
　　大洪山主峰山顶、山麓的寺庙因战乱而毁，因缘具足再建，元朝时了庵禅师在山麓拓宽寺庙基地，众营栋宇，雄伟壮丽，改名为“万寿禅院”。
　　明万历四十一年（1613年），四川僧人广祥、广吉自五台山挂锡于此，重振洪山寺院，建有大佛殿、祖师殿、钟鼓楼等，直到崇祯七年（1634年）二月才落成。思宗皇帝赐额“楚山望刹”。
　　据清《大洪山志》记载，唐以后陆续在洪山主峰四周建有寺庙26处，号称“汉东地阔无双院，楚北天空第一峰”。联曰“大洪山山连山山山相连，洪山寺寺接寺寺寺连接。”
　　大洪山寺院经历五毁六建，可谓凤凰涅槃。2009年，当代佛门泰斗本焕长老率衣钵弟子印顺大和尚，携十方檀越发大愿重建慈恩寺于宝珠峰之巅，并由现任中佛协副会长、深圳弘法寺方丈的印顺大和尚出任大慈恩寺住持。“大慈恩寺”名系取“慈忍大师”之“慈”和“报恩禅师”之“恩”合成，意为继承两位大德的精神续佛慧命，大力弘扬佛教传统文化。
　　大慈恩寺重建总用地面积4.5万平方米，建筑面积1.2万平方米。2011年5月31日，金顶落成开光；2013年10月27日，大慈恩寺全堂佛像开光。寺庙建筑群依山而建，坐北朝南，以大雄宝殿为中心，呈十字形展开，中轴线主体建筑由山门、天王殿、大雄宝殿、藏经阁、佛足阁、金顶依次展开，错落有致，磅礴大气，再现唐宋佛教“楚山望刹”盛景。