所谓整体打捞，就是将“南海Ⅰ号”船体和船上满载的货物连带周围的淤泥一起，按照原状固定在特殊的钢制“沉井”内，将分散、易碎的文物一次性吊浮起运，从开放式、能见度低的海底，整体搬到专门为它建造的广东海上丝绸之路博物馆“水晶宫”内，然后进行细致考古发掘。为“南海一号”的打捞量身定造的沉井，是一个方形结构的巨大箱子，可以将古沉船完全罩住。
　　　　沉井分为上沉井和下沉井两部分，下沉井进入海底后在“南海Ⅰ号”船体以下固定，它主要起两个作用：一是防止“南海Ⅰ号”船体周围的泥土流失；二是当上沉井罩住“南海Ⅰ号”后，在上沉井底部穿梁时，下沉井可起到基础固定的作用。
　　　　在上下沉井都到位后，开始在上沉井底部穿36根底梁，把“南海Ⅰ号”整个“包裹”起来，保持其“原生态”。沉井变成完全封闭的“沉箱”，不仅整个罩住了 “南海Ⅰ号”，还有它周围的水和泥沙，重3000多吨。 （据新华社12月21日电）